Musaka je tradiční pokrm, jehož historie sahá hluboko do minulosti a zahrnuje několik kultur Středozemí a Balkánu. Kořeny musaky lze vysledovat až do starověkých civilizací, kde se podobné vrstvené jídla připravovaly z dostupných surovin. Jako například celosvětově známé a právem oblíbené italské Lasagne. Nejznámější verze musaky pochází z Řecka, ale podobné verze se nacházejí také v Turecku, na Balkáně a na Blízkém východě.
Řecká musaka, jak ji známe dnes, byla popularizována v roce 1920 řeckým kuchařem Nikolaosem Tselementesem. Tselementes, který byl ovlivněn francouzskou kuchyní, přidal bešamelovou omáčku do vrchní vrstvy musaky, což ji odlišilo od ostatních regionálních variant. Tento moderní recept se stal základem pro to, co je dnes považováno za klasickou musaku.
Před modernizací receptu existovaly různé verze musaky po celém regionu, často bez bešamelu a s odlišnými ingrediencemi podle dostupnosti. Turecká musaka je například často připravována bez vrstvení, ale spíše jako směs lilku, rajčat a mletého masa, a servíruje se s rýží nebo chlebem. Na Balkáně se do musaky přidávají i jiné druhy zeleniny, jako jsou cukety, a často se připravuje ve více vrstvách podobně jako v řecké verzi.
Historie musaky je tedy bohatá a odráží kulturní výměnu a gastronomické vlivy mezi různými národy Středozemí a Balkánu. Každá regionální verze tohoto pokrmu nese své specifické znaky, ale základní princip vrstvení ingrediencí zůstává stejný. Musaka tak zůstává symbolem kulinářské kreativity a kulturního dědictví, které spojuje různé tradice do jednoho lahodného pokrmu.